后来，亚历山大主教回到南安城之后，觉得自己没有达成使命，没有完成对萧如薰的承诺，反而害的萧如薰出兵讨伐孟族人，感觉萧如薰一定对他没有好感了，之后也难以开辟新的局面。
于是，心灰意冷之下，自觉无颜面对萧如薰的他在两个月以后乘欧洲商人的海船启程回国了。
利玛窦还是留下来了，决定不管怎样，都要尽到自己的一份力量。
亚历山大主教回国之后，因为没有完成主要的开辟中国传教新局面的任务，还损失了十几名传教士，所以没有得到什么奖励。
但是作为和中国贵族产生联系的罗马教廷第一人，有了去中国接触中国人的这个经历，在中国问题上，他还是得到了教皇的重用的。
亚历山大建议罗马教廷花一些时间和萧如薰建立和谐友好的关系，他已经打开了第一步局面，有一名传教士利玛窦长期和萧如薰接触，他建议给利玛窦更高的地位，方便他的行动。
教皇允许了，于是很快，利玛窦的地位得到了提升，以此为借口和突破点，打着开辟中国教区的幌子的亚历山大开始重塑自己的声威和地位。
而且在那之后，正好罗马教廷得知西班牙王政府因为菲律宾海岛事件而对中国极度不满，西班牙王疯狂的打算劳师远征菲律宾报仇，成为教皇得力助手的亚历山大顿时气不打一处来。
在他看来，如果没有西班牙人的愚蠢屠杀行为惹恼了中国人，他也不用冒险和萧如薰做那个约定，说不定就能用更加和平的方式和萧如薰协商，也就不用被追杀的差点儿丧命，搞得现在自己处境十分尴尬的局面了。
而且当时欧洲贵族们正在广泛追求和中国人接触，和中国人做生意，痴迷于中国灿烂的文化和高大上的产物，对于西班牙政府这种逆时代潮流的行为十分不满。
罗马教廷本来是期待西班牙作为反宗教改革先锋军发挥自己的力量的，可是现在西班牙国王腓力二世越来越疯狂，这边仗还有占据上风，那边居然还要抽调兵力远征中国！
这不是疯了吗？
亚历山大是偏向于支持中国立场的，但是支持的人还不是很多，碰巧此时罗马教廷内部也有不少人对腓力二世不关注欧洲战局而关注东方战局的行为十分不满，也打算阻止他的疯狂，两拨人一拍即合。
于是在亚历山大各种意义上的努力的活动之下，罗马教廷内部趋向于支持亚历山大的意见，决定以葡萄牙事件对西班牙政府施压，阻止腓力二世的疯狂行为。
西班牙吞并葡萄牙实现半岛统一的大义名分是罗马教廷给予的，罗马教廷支持了西班牙吞并葡萄牙的行为，并且给予了大义支持。
如果没有罗马教廷的宗教支持，西班牙人的大义名分就会受损，吞并葡萄牙的正当性合法性就会被动摇，国家立场就会变得非常被动。
于是，罗马教廷以此威胁西班牙政府，说如果他们敢出兵和中国人打仗，进一步损害中国和欧洲的关系，就支持葡萄牙人的复国行动，支持葡萄牙人夺回自己的家园，让他们后院起火。
最早和中国接触的热那亚的银行家们正在积极的准备着和中国人之间的生意往来，眼看着滚滚财富流入自己的口袋，无论如何也不能允许这种严重损害自己利益的行为发生。